• 2001: doktorat iz zgodovinskih znanosti (Univerza v Ljubljani, Filozofska fakulteta)

Univerza v Ljubljani, Filozofska fakulteta, Oddelek za zgodovino

• 2016–: izredni profesor za slovensko in občo zgodovino srednjega veka
• 2011–2016: docent 
• 2004–2011: asistent
• 1996– 2001: asistent stažist 

Gornjesavski muzej Jesenice 

• 2003: kustos za zbirko planinskega muzeja

Arhiv Republike Slovenije 

• 1996–1997: arhivist - pripravnik

Mlinar, Janez. 2016. "Povednost srednjeveških urbarjev: Primer belopeškega urbarja iz leta 1498." V: Urbarji na Slovenskem skozi stoletja, uredila Matjaž Bizjak in Lilijana Žnidaršič Golec, 35–53. Ljubljana: Arhiv Republike Slovenije.

Mlinar, Janez. 2014. "Das Eisenhüttenwesen und sein Einfluss auf Mensch und Natur in Spätmittelalter und Frühneuzeit : Beispiele aus dem westlichen Ober Krain". V: Man, nature and environment between the northern Adriatic and the eastern Alps in premodern times, uredila Peter Štih in Žiga Zwitter, 182–191. Ljubljana: Znanstvena založba Filozofske fakultete.

Mlinar, Janez. 2013. "Formen adligen Wohnens in Krain im Mittelalter." V Ansitz - Freihaus - corte franca : bauliche und rechtsgeschichtliche Aspekte adligen Wohnens in der Vormodern, uredila Gustav Pfeifer, Kurt Andermann, 373–385. Innsbruck: Universitätsverlag Wagner.

Mlinar, Janez. 2011. "Janez. Zgodovinopisje kot izraz samozavedanja mestnih elit : primer Ptuja, Celja in Ljubljane." V Mestne elite v srednjem in zgodnjem novem veku med Alpami, Jadranom in Panonsko nižino = Urban elites in the Middle Ages and the Early Modern Times between the Alps, the Adriatic and the Pannonian plain, uredila Janez Mlinar in Bojan Balkovec, 439–456. Ljubljana: Zveza zgodovinskih društev Slovenije.

Mlinar, Janez. 2005. Podoba Celjskih grofov v narativnih virih. Ljubljana: Oddelek za zgodovino Filozofske fakultete.